PRO FILIA Kantonalverein Zürich wird unterstützt durch Beiträge von kirchlichen und weiteren Institutionen. Die Bahnhofhilfe erhält von den SBB eine Subvention. Die Stadt Zürich ermöglicht durch zinslose Darlehen für die Häuser das Angebot von günstigen Wohnmöglichkeiten in der Stadt. Der Verein finanziert seine Arbeit mit Gönnerbeiträgen, Spenden und Legaten sowie Einnahmen aus den Dienstleistungen. Verkaufs- und Sammelaktionen werden organisiert. Er hält durch ein grosses Engagement vieler ehrenamtlich tätiger Personen die Kosten so tief wie möglich. PRO FILIA Kantonalverein Zürich verwendet die ihm zur Verfügung stehenden Mittel zweckgebunden. Er legt jährlich Rechenschaft ab über seine Arbeit und den Einsatz der Gelder.