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Das Kantonale Laboratorium Basel-Stadt hat im Laufe der Jahre immer wieder Pionierarbeiten geleistet und Themen vorausschauend und frühzeitig aufgegriffen. Das Labor betreibt zum Beispiel als einzige Amtsstelle der Schweiz ein Biosicherheitslabor. Als eines der ersten Kantonalen Laboratorien erhielt das Kantonale Laboratorium Basel-Stadt im Jahre 1995 die Akkreditierung als schweizerisch und europäisch anerkannte Inspektions- und Prüfstelle. Im Jahre 1993 wurde unter dem Namen PCR (Polymerase Chain Reaction) eine neuartige Methode eingeführt zur Identifikation der Tierarten in tierischen Lebensmitteln und im Jahre 1995 zur Untersuchung von gentechnisch veränderten Lebensmitteln. Der Chemieunfall in Schweizerhalle im Jahre 1986 führte zum Aufbau einer neuen Abteilung: Die Kontrollstelle für Chemiesicherheit, Gift und Umwelt, KCGU, heute Kontrollstelle für Chemie- und Biosicherheit, KCB, welche die Überwachung der Chemie- und Biosicherheit zum Ziele hat. Beim Kernkraftwerk-Unfall in Tschernobyl war im Kantonalen Laboratorium Basel-Stadt die Fachkompetenz vorhanden, die es erlaubte, in kurzer Frist genügend Messkapazität bereitzustellen und einen Überblick über den Grad der radioaktiven Verunreinigung zu erstellen. Seither verfügt das Kantonale Laboratorium Basel-Stadt über ein krisengeschütztes Laboratorium.